一、全自動發酵罐滅菌操作
1. 關閉所有供水管路及空氣管路。開啟蒸汽管路閥門。同時稍開啟
全自動發酵罐夾套的排氣閥門，排放夾套剩水。
2. 開啟發酵罐攪拌電機，轉速至200rpm，使發酵液受熱均勻。當溫度升到95℃以上時，即可停止攪拌。然后待溫度升至121℃（罐壓在0.1～0.12Mpa）時即可計時開始。
3. 當計時開始后，發酵時間一般為20-30分鐘。在此時間內應保證溫度不低于120℃。同時可進行空氣過濾器及空氣管道的滅菌。
4. 空氣過濾器及空氣管道的滅菌：稍開過濾器的排水閥門，及空氣管道的隔膜閥，保證空氣管道的蒸汽滅菌。但不能開的太大，以免蒸汽大量進入罐內，而稀釋培養基。
5. 出料、采樣閥的蒸汽閥門及出口閥稍開，保證該管路滅菌。在發酵罐的蓋上的接種口，同樣需要放氣，使其達到滅菌要求。
6. 當保溫結束時，應先把空氣管路中的隔膜閥關閉。把空氣過濾器排水閥關閉，以及關閉取樣閥出口閥門和接種口螺帽。然后再關閉各路蒸汽閥門。
7. 打開冷卻水閥門及排水閥門，同時打開空氣流量計和空氣放空閥門，把空氣過濾器吹干。此時必須注意罐壓的變化。不能讓罐壓低于0.02Mpa。及當罐壓達到0.05Mpa時，立即將空氣管路打開，保證發酵罐的罐壓在0.05Mpa左右。
8. 當溫度降到95℃時，即可打開攪拌。當溫度低于50℃后，即可切入自動控溫狀態，使培養基達到接種溫度，滅菌過程即告結束。
二、全自動發酵罐發酵過程的操作
1. 接種：接種方法可采用火焰接種法或差壓接種法。
（1）火焰接種法：在接種口用酒精火圈消毒，然后打開接種口蓋，迅速將接種液倒入罐內，在把蓋擰緊。
（2）差壓法：在滅菌前放入墊片，接種時把接種口蓋打開，先倒入一定量的酒精消毒。待片刻后把種液瓶的針頭插入接種口的墊片。利用罐內壓力和種液瓶內的壓力差，將種液引入罐內，擰緊蓋子。
2. 罐壓
發酵過程中須手動控制罐壓，即用出口閥控制罐內壓力。調節空氣流量的，須同時調節出口閥，應保持罐內壓力恒定大于0.03Mpa。
3. 溶解氧（DO）的測量和控制
（1）溶解氧的標定：在接種前，在恒定的發酵溫度下，將轉速及空氣量開到大值時的溶解氧DO值作為100%。
（2）發酵過程的溶解氧DO測量和控制：DO的控制可采用調節空氣流量和調節轉速來達到。簡單是轉速和溶氧的關聯控制。其次則必須同時調節進氣量（手動）控制。有時需要通入純氧（如在某些基因工程菌的高密度培養中）才能達到要求的DO值。
4. pH 的測量與控制
（1） pH值的校正：在滅菌前應對PH電極進行PH值的校正。
（2）在發酵過程中PH值的控制使用蠕動泵的加酸加堿來達到的，酸瓶或堿瓶須先在滅菌鍋中滅菌。
三、控制器的操作
1. 控制器的啟動：打開電源，先按一下薄膜鍵盤上的“S/E”鍵，再按一下“確認”鍵，發酵控制程序啟動；這時，如果加熱器中水沒有加滿，程序會自動進行進水操作；待水加滿后，用戶可以按照上述的下位機控制器的操作方法進行對各個執行機構進行控制。
2. 控制器的操作：使用F1～F6按鍵將液晶屏中的界面切換到用戶需要控制的界面中，使用方向鍵將界面中的光標移動到需要控制的變量上，如果是改變運行模式，直接按確認鍵即可，如果需要鍵盤輸入數字，在輸入數字后按確認鍵即可。如：
（1）溫度控制：在手動方式中，全自動發酵罐對溫度進行手動操作是比較簡單，只需要改變手動狀態的控制量即可。通過選擇快捷鍵（F1～F5）進入到溫度控制界面，然后移動光標使它指向到“手動方式”，按下“確認”鍵，即進入溫度控制的手動方式中。此時，“手動方式”后面會出現一個小手來指示當前的選擇是手動方式。將光標移動到手動設置區域， 通過上下移動光標選擇到“控制量”。通過按數字鍵輸入所需要設定的控制量輸出值，如80，并按“確認”鍵確認；（注：控制量范圍為0～100，當輸入控制量大于50時為加熱狀態，反之為冷卻狀態）。
（2）轉速的控制：使用光標移動鍵，移動光標到“設定值”處。全自動發酵罐在數字鍵盤上輸入 300, 此時的“設定值”后應該出現“300”的數值；然后按下“確認”鍵確定輸入。若輸入有錯誤，可以按“清除”鍵清除數據。
